随着以边合成(或连接)边测序为特征的新一代测序技术以及现有的Roche (454) GSFLXsequencer、Illumina genome analyzer (Solexa)、Applied Biosystems SOLiD sequencer、Heli Scope Sequencer等4种新一代测序平台的发展和成熟，可能对以水稻为代表的农作物大规模分子设计育种产生的影响。著名水稻分子遗传与育种家周少川博士利用提出新一代测序技术通过对水稻核心种质育种材料体系的全基因组测序，开发功能性分子标记和特异基因芯片，缩短将基础研究成果应用于实际育种生产的时间，为真正进入分子设计育种时代奠定基础。